「昨天会后您问我对古巴方案怎么看，我恐怕答得不够有条理。」
1961 年 4 月 5 日，历史学家、白宫特别助理小阿瑟·施莱辛格（Arthur Schlesinger Jr.）给肯尼迪总统写了份备忘录，开头就是这句。后面的话倒很有条理：入侵者不管打着谁的旗号，账都会算到美国头上；登陆一旦陷入僵局，形势会一步步把美国推到派海军陆战队上岸的地步。「权衡之下，」他写道，「我反对。」
他说的那次会，是前一天傍晚 6 点到 8 点 18 分在国务院开的。方案出自中央情报局，是艾森豪威尔时期就定下的：大约 1400 名流亡的古巴人在古巴南部海岸登陆，指望古巴民众起来响应。
肯尼迪请来一位局外人，参议员富布赖特，他当场表示反对。按欧文·贾尼斯（Irving Janis）后来的还原（主要依据施莱辛格的回忆），总统没有让大家讨论富布赖特的理由，而是绕着桌子挨个问每人的最终意见。国防部长麦克纳马拉赞成。话题随后转到怎么让登陆动静小一点，还没轮到施莱辛格，会就散了。
那几个星期里，在为罗伯特·肯尼迪妻子庆生的一场盛大派对上，这位总统的弟弟、司法部长把施莱辛格拉到一边，问他为什么反对。据施莱辛格回忆，罗伯特听完，说：「你也许对，也许错，但总统已经拿定主意了。别再坚持了。」
4 月 17 日，2506 突击旅在猪湾登陆。不到两天，就被卡斯特罗亲自指挥的古巴部队击溃。一百多人战死，近 1200 人投降。他们在古巴被关了 20 个月，最后卡斯特罗同意用价值 5300 万美元的婴儿食品和药品换人。
施莱辛格在 1965 年出版的《一千天》里写到那些会：「猪湾之后的几个月里，我痛切地责备自己，在内阁会议室那几次关键的讨论中，竟一直那样沉默。」照他自己的说法，他至多提了几个怯生生的问题。
十八个月后，1962 年 10 月 14 日，一架 U-2 侦察机拍到苏联正在古巴修建核导弹发射场。据贾尼斯记述，这回开会的方式变了。总统最信任的两个人，罗伯特·肯尼迪和西奥多·索伦森，都没参加过猪湾行动最后几次决策会，这次他们的任务是把每个争议点都追问到底。罗伯特常常故意唱反调。会议不设正式议程，请来的外部专家要被追问结论从何而来。有几次会，总统干脆不在场。「总统在屋里的时候，我觉得真正的你来我往就少了。」罗伯特·肯尼迪说。
总统到底有几次是存心不来，其实说不清。罗伯特后来写道，哥哥有意避开了一些会。研究过白宫录音的历史学家谢尔登·斯特恩却发现，总统只在离开华盛顿去外地竞选时缺过会，而那几趟出行，是为了不让危机走漏风声。
这一回，分歧传到了总统耳朵里。参谋长联席会议全体主张先空袭、再入侵；也有人主张只发严厉警告。肯尼迪选了中间的路，10 月 22 日下令对古巴实施海上「隔离」。
10 月 28 日，赫鲁晓夫宣布，苏联导弹将被拆除、运走。